כאשר עם ה"פרסטרויקה" רוחות של שינוי החלו לנשוב בברית המועצות, במרץ 1988 הוקמה האגודה היהודית לתרבות בטאלין. זו היתה התאגדות ראשונה מסוגה בכל האימפריה הסובייטית. היה חסר ניסיון בארגון פעולתה של התאגדות תרבותית לאומית ולא היו חדרים זמינים לפעילות אבל ההתלהבות יצרה מספיק מומנטום להשיג דברים רבים למרות משאבים כושלים. ההתחלה היתה בארגון קונצרטים והרצאות. עד מהרה עלתה שאלת הקמת בית ספר יהודי. כהתחלה, הוקם בית ספר של יום ראשון בשנת 1989. בנין הגימנסיה היהודית בטאלין ברחוב קארו היה באותן השנים בית ספר מקצועי אבל הושג הסכם שהתיר לקהילה להשתמש בחדרי בית הספר ביום ראשון. בשנת 1990 הוקם בית ספר יהודי. מועדוני תרבות יהודית, הוקמו בטרטו, נרבה וקוהטלה-ירווה. אחריהם קמו ארגונים נוספים כמו אגודת הספורט מכבי.
אט אט החלו לחזור חיים יהודיים: החלו להערך קורסים ללימוד העברית. בכספי תרומות הוקמה הספריה היהודית. בשנת 1992 הוקמה רשמית התאגדות הקהילה היהודית של אסטוניה. בשנת 2007 הוקם בטאלין בית הכנסת של הקהילה היהודית של אסטוניה. גם בית הספר היהודי החל לפעול.
מארק ריבק (ז"ל), שעלה לישראל מאסטוניה בשנות ה – 70, פעל רבות לשימור המורשת של יהודי אסטוניה. בעשור האחרון לחייו, מארק היה סגן יו"ר של איגוד יוצאי לטביה ואסטוניה בישראל. מארק פעל רבות לתיעוד תולדות יהודי אסטוניה והקים את הארכיון המקוון של יהדות אסטוניה. החל משנות ה – 90, מארק ריבק פעל בטאלין להקמת המוזיאון לתולדות יהדות אסטוניה.
כיום הקהילה פעילה בתחומים הבאים:
מאז 2007, בראש הקהילה הדתית עומד הרב שמואל קוט.