הקהילה היהודית של אסטוניה היא אחת הצעירות באירופה והוקמה רק במחצית השניה של המאה התשע עשרה. עד אז, אף אחד מהשליטים הנוצריים (דנים, בישופים גרמניים, שבדים) ששלטו באסטוניה, לא התירו ישיבת יהודים בחבלי ארץ אלה.
תהליך ההתיישבות היהודית באסטוניה החל כאשר בשנת 1865 חוק של הצאר אלכסנדר השני העניק להם את הזכות להיכנס למדינה אזור. זה אפשר ליהודים משוחררי צבא הצאר ("הקנטוניסטים") וצאצאיהם, להתיישב באסטוניה. כמו כן הורשו להתיישב שם בעלי מלאכה של הגילדה הראשונה ובעלי מלאכה יהודים שהתיישבו באסטוניה חלקים אחרים של האימפריה. כך החלה להיווצר הקהילות היהודיות של אסטוניה.
קהילת טאלין (שנקראה אז REVAL), הגדולה ביותר באסטוניה, הוקמה בשנת 1830. קהילת טרטו הוקמה בשנת 1866, באמצעות 50 משפחות. בית הכנסת הגדול של טאלין נבנה בשנת 1883 ובטארטו (DORPAT) בשנת 1901. שני בתי הכנסת האלה נהרסו בשנות השואה. עם חלוף הזמן התפשטה האוכלוסייה היהודית לערים אסטוניות נוספות והיתה התיישבות יהודית בוולגה, בפרנו ובווילנדי (שם הוקמו בתי כנסת ובתי קברות). באותה תקופה, היהודים ביקשו להקים רשת חינוך משלהם. כך הוקמו בתי ספר יהודיים בערים הגדולות. רוב היהודים האוכלוסייה באותה תקופה כללה בעלי מלאכה קטנים ובעלי מלאכה, מעטים היו משכילים.
שינוי משמעותי בחיי האוכלוסיה היהודית התחולל בסוף המאה התשע עשרה כאשר סטודנטים יהודים החלו להתקבל לאוניברסיטה של טארטו. למשפחות משוחררי הצבא הקיסרי הרוסי, שעסקו במסחר ובמלאכה, נוספו גם משכילים יהודיים. כמו כן, צעירים יהודיים שבשל גזירת "המכסה היהודית" / נומרוס קלאוזוס, נדחו מאוניבריסטאות מובילות במוסקבה וסט. פטרבורג, הצליחו להתקבל לאוניברסיטת טארטו הוותיקה והנחשבת (האוניברסיטה בטארטו נוסדה שנים רבות לפני האוניבריסטאות במוסקבה ובסט. פטרבורג). באוניברסיטת טארטו עשו רבות כדי להחיות את התרבות והחיים היהודיים. בשנת 1917 נוסד שם מועדון הדרמה היהודי.
כ- 200 יהודים לחמו למען הקמת מדינת אסטוניה, ו -70 מהגברים הללו היו מתנדבים. הקמת הרפובליקה של אסטוניה בשנת 1918 סימנה את תחילתו של עידן חדש עבור היהודים. כבר בימים הראשונים לקיומה כמדינה, אסטוניה גילתה סובלנות שלה כלפי המיעוטים בשיטחה וגם "חוק המיעוטים" של אסטוניה תרם לכך. זה היווה את היווה את הבסיס לצמיחה של הפעילות הפוליטית והתרבותית של החברה היהודית.
בתמונה הראשית: מבנה בית הכנסת הראשון בטאלין שהוקם ע"י הקנטוניסטים במאה ה – 19
מקור התמונה: פינטרסט